Table 3 Pathogens screened for during the study

Actinomyces sp.

RB

CE

Hepatozoon spp. catch-all

RLB

Y

Actinomycetes

RB

CE

Hyalomma spp.

CL

7D, 5W, Y

Amblyomma variegatum

CL

7D, 5W, Y

Hypoderma bovis

CL

7D, 5W, Y

Anaplasma bovis

RLB

Y

Klebsiella ozaenae

RB

CE

Anaplasma centrale

RLB

Y

Klebsiella pneumoniae

RB

CE

Anaplasma marginale

RLB

Y

Listeria spp.

RB

CE

Anaplasma ovis

RLB

Y

Anaplasma phagocytophilum

RLB

Y

Lumpy skin disease

PCR

CE

Arcanobacterium pyogenes

RB

CE

Micrococcus spp.

RB

CE

Babesia bicornis

RLB

Y

Moniezia spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Babesia bigemina

RLB

Y

M. avium paratuberculosis

ZN

Y

Babesia bovis

RLB

Y

Nematodirus spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Babesia caballi

RLB

Y

Non-pathogenic Staphylococci

RB

CE

Babesia canis

RLB

Y

Oesophagostomum radratium

FM,FC

7D, 5W, Y

Babesia divergens

RLB

Y

Onchocerca spp.

SNP,MIC

Y

Babesia felis

RLB

Y

Ostertagia ostertagi

FM+FC

7D, 5W, Y

Babesia gibsoni Japan

RLB

Y

Pasteurella multocida

RB

CE

Babesia microti

RLB

Y

Rickettsia spp. catch-all

RLB

Y

Babesia motasi

RLB

Y

Rickettsia spp. (DnS14) raoultii

RLB

Y

Babesia odocoilei

RLB

Y

Riphicephalus appendiculatus

CL

7D, 5W, Y

Babesia ovis

RLB

Y

Rotavirus

ELISA

CE

Babesia rossi

RLB

Y

Salmonella spp.

RB

CE

Babesia vogeli

RLB

Y

Sarcocystis spp.

HIS

PM

Bacillus anthracis

RB

PM

Staphylococcus aureus

RB

CE

Bluetongue virus

PCR

Y, CE

Staphylococcus epidermicus

RB

CE

Bacillus spp.

RB

CE

Staphylococcus epidermidis

RB

CE

Boophilus spp.

CL

7D, 5W, Y

Staphylococcus spp.

RB

CE

Borrelia afzelii

RLB

Y

Streptococcus bovis

RB

CE

Borrelia burgdorferi s. lato

RLB

Y

Streptococcus spp.

RB

CE

Borrelia burgdorferi s. stricto

RLB

Y

Theileria annae

RLB

Y

Borrelia garinii

RLB

Y

Theileria annulata

RLB

Y

Borrelia valaisiana

RLB

Y

Theileria bicornis

RLB

Y

Bunostomum trigonocephalum

FM

7D, 5W, Y

Theileria buffeli

RLB

Y

Bovine Viral Diarrrhoea Virus

ELISA - ag

Y

Theileria cervi

RLB

Y

Calicophoron spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Theileria equi

RLB

Y

Chabertia ovina

FM,FC

7D, 5W, Y

Theileria equi-like

RLB

Y

Clostridium spp.

RB

CE

Theileria lestoquardi

RLB

Y

Coccidia spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Theileria mutans

RLB

Y

Coccobacillary

RB

CE

Theileria orientalis 1

RLB

Y

Cooperia spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Theileria parva

RLB,PCR

Y

Corynebacterium spp.

RB

CE

Theileria spp. (buffalo)

RLB

Y

Cryptosporidium spp.

ZN,MIC

7D, 5W, Y

Theileria spp. (duiker)

RLB

Y

Dermatophilus congolensis

RB

CE

Theileria spp. (kudu)

RLB

Y

Dictyocaulus viviparus (L1)

FB

7D, 5W, Y

Theileria spp. (sable)

RLB

Y

E.coli

RB

CE

Theileria spp.

MIC, (RLB)

7D, 5W, Y, CE

Ehrlichia chaffeensis

RLB

Y

Theileria taurotragi

RLB

Y

Ehrlichia ruminantium

RLB,MIC,PCR

Y, CE

Theileria velifera

RLB

Y

Ehrlichia spp. (Omatjenne)

RLB

Y

Toxocara vitulorum

FM,FC

7D, 5W, Y

Eimeria alabamensis

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trichophyton spp.

MIC

CE

Eimeria auburnensis

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trichostrongylus axei

FM,FC

7D, 5W, Y

Eimeria bovis

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trichuris spp.

FM,FC

7D, 5W, Y

Eimeria cylindrica

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trypanosoma brucei

HCT,DG,PCR

7D, 5W, Y

Eimeria ellipsoidalis

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trypanosoma congolense

HCT,DG,PCR

7D, 5W, Y

Eimeria subspherica

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trypanosoma spp.

HCT,DG,PCR

7D, 5W, Y

Eimeria zuernii

FM,MIC

7D, 5W, Y

Trypanosoma theileri

HCT,DG,PCR

7D, 5W, Y

Epizootic haemorrhagic disease

PCR

Y, CE

Trypanosoma vivax

HCT,DG,PCR

7D, 5W, Y

Fasciola spp.

FS,MIC

7D, 5W, Y

Weksella zoohelcum

RB

CE

Haemonchus placei

FM,FC

7D, 5W, Y